截止2007年，大学主体由7个系，1个学院和1个研究所组成：

　　科学系（lafacultédessciences）

　　医学系（lafacultédemédecine）

　　文学系（lafacultédeslettres）

　　经济与社会科学系（lafacultédesscienceséconomiquesetsociales）

　　法学系（lafacultédedroit）

　　神学系（lafacultédethéologie）

　　心理学和教育学系（lafacultédepsychologieetdessciencesdel'éducation）

　　翻译学院（Écoledetraductionetd'interprétation）

　　建筑学研究所（Institutd'architecture）

　　大学的从属学院还包括八个系属学校和跨系别研究中心：

　　法语文化及语言学校（Écoledelangueetdecivilisationfrançaises）（文学系下属）

　　体育教育学校（Écoled'éducationphysiqueetdesport）（医学系下属）

　　大学信息中心（Centreuniversitaireinformatique）

　　大学人口生态学及环境科学中心（Centreuniversitaired'écologiehumaineetdessciencesdel'environnement）

　　大学能源问题研究中心（Centreuniversitaired'étudedesproblèmesdel'énergie）

　　老年问题中心（Centreinterfacultairedegérontologie）

　　宗教改革史研究所（Institutd'histoiredelaréformation）

　　日内瓦大学欧洲中心（Instituteuropéendel'universitédeGenève）

　　以下独立学院也依托于日内瓦大学：

　　高级国际关系及发展学院（Institutdehautesétudesinternationalesetdudéveloppement），2008年由原国际高等教育学院（Institutdehautesétudesinternationales）和国际发展学院（Institutuniversitaired’étudesdudéveloppement）合并而成

　　Bossey神学院（Institut?cuméniquedeBossey）